El diario inició su publicación en la Ciudad de México el 1 de enero de 1899. Su fundador y director fue el periodista tlaxcalteca Trinidad Sánchez Santos. En sus páginas se difundieron las ideas del catolicismo progresista, que don Trinidad sostenía. Dos lemas encabezaron sus titulares: primero "Libertad en todo y para todos, menos para el mal ni para los malvados", y después, la frase latina Pro Aris et Focis Certare, "Combatir por la religión y por la Patria", acuñada de los escritos del orador romano Cicerón. A través de sus columnas, Sánchez sostuvo controversias con polemistas de alto nivel, como Francisco Bulnes o Justo Sierra.

Su empresa noticiosa resultó en un éxito rotundo, particularmente por su posición independiente: de cinco mil ejemplares, llegó a alcanzar un tiraje de doscientos mil. Además, innovó en las técnicas del campo periodístico, al utilizar por vez primera la llamada prensa a colores.

Durante el Porfiriato, El País se caracterizó por ser un medio de oposición moderado; al triunfo revolucionario, atacó sin tregua la administración del presidente Francisco I. Madero, prestando posteriormente su apoyo al gobierno de Victoriano Huerta. En marzo de 1912, el director sufrió un atentado por sus críticas al régimen surgido de la revolución de 1910, que se consideró pudo provenir del grupo cercano a Gustavo A. Madero. Era tal el enfrentamiento con el gobierno, que el 2 de mayo del mismo año, Sánchez Santos fue encarcelado bajo la acusación de dar noticias falsas y sensacionalistas; siete días después, salió libre, pero fue desterrado de México; murió al poco tiempo. El último ejemplar detectado de El País corresponde al 28 de febrero de 1914.